Aquí se ubica la mesa del altar entre muros gruesos en piedra y mampostería. El techo exhibe una bóveda de crucería estrellada, característica de la arquitectura medieval. Al centro, donde convergen varios nervios de piedra, se destaca el emblema de la orden dominica rodeado por triángulos azulverdosos.
El apoyo económico de los descendientes de Ponce de León fue crucial para la erección de la Iglesia de San José. Arriba en la pared norte del presbiterio aparece el escudo de la familia García-Troche, herederos del conquistador que falleció temprano en búsqueda de la Fuente de la Juventud. En la heráldica, el apellido Troche se asocia y representa con la trucha, por ello se destacan tres de ellas en la parte inferior izquierda del escudo.
Frente a la mesa del altar, a nivel del suelo, una puerta conduce a lo que fue cripta de los Ponce de León. Los restos del conquistador estuvieron aquí hasta 1908, cuando se trasladaron a la Catedral de San Juan, donde un monumento en mármol reconoce su rol en la historia del país.