Es probable que el arco a la derecha del retablo estuviese abierto a la plaza adyacente para propiciar que el pueblo orase al aire libre.
Corona la capilla una cúpula de 8 lados al estilo árabe, sostenida en cada esquina por “trompas” que se proyectan hacia adentro del espacio.
A cada lado del retablo un par de ángeles de plata – piezas del Tesoro de Arte Sacro de la Catedral de San Juan – hacen eco de cronistas de la era colonial, quienes alegaban que cuando los devotos de San Juan rezaban a la Virgen de Belén, se escuchaba cantar a los ángeles en el convento adyacente.
La puerta del sagrario ilustra un pelícano alimentando a sus crías con su propia sangre, metáfora cristiana de cómo Cristo alimenta a los hombres con su cuerpo y sangre. Este sagrario fue donado a la Iglesia de San José por Monseñor Roberto González Nieves, Arzobispo Metropolitano de San Juan.