Su construcción inició en 1522, diez años antes de comenzar las obras para la Iglesia de San José. Por más de 3 siglos, templo y monasterio funcionaron en tándem, estando ambos administrados por la orden de los religiosos. Múltiples aperturas para puertas y ventanas permitían circular de un lugar al otro. Quedan cicatrices en la pared medianera que discurre a lo largo de la navícula norte, paralela al patio.
En el siglo 19, el gobierno español reclamó los conventos como propiedad del Estado, dejando los lugares de culto a manos de la Iglesia. A consecuencia de ello, la pared medianera que viabilizaba la comunicación entre los dos edificios, ahora los separa. Solo queda esta puerta enrejada. Al cerrarse la iglesia, se privó de la ventilación cruzada.